Los indios pipiles, descendientes de los aztecas, probablemente emigraron a la región en el siglo 11. En 1525, Pedro de Alvarado, lugarteniente de Cortés, conquistó El Salvador.
El Salvador, como los demás países de América Central, declaró su independencia de España el 15 de septiembre de 1821, y fue parte de una federación de estados centroamericanos hasta que la unión fue disuelta en 1838. Durante décadas después de su independencia, El Salvador experimentó numerosas revoluciones y las guerras contra otras repúblicas centroamericanas. Desde 1931 hasta 1979 El Salvador fue gobernado por una serie de dictaduras militares.
En 1969, El Salvador invadió Honduras después de que los terratenientes hondureños hayan sido deportados por miles de salvadoreños. La guerra de cuatro días se conoció como la «guerra del fútbol», ya que se desató durante un partido de fútbol entre los dos países.
El Salvador sufrió la Guerra civil por 12 años
En la década de 1970, el descontento con las desigualdades sociales, una economía pobre, y las medidas represivas de la dictadura llevó a la guerra civil entre el gobierno, gobernado desde 1961 por el derechista Partido de Conciliación Nacional (PCN), y las guerrillas de izquierda contra el gobierno, cuyo principal grupo fue el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN). Los EE.UU. intervinieron en el lado de la dictadura militar, a pesar de sus decenas de violaciones de derechos humanos. Entre 1979 y 1981, alrededor
de 30.000 personas fueron asesinadas por escuadrones de la muerte de derecha apoyados por los militares. José Napoleón Duarte, un civil moderado que fue presidente desde 1984 hasta 1989, ofrecioó una alternativa a los extremos políticos de derecha e izquierda, pero Duarte no pudo terminar la guerra. En 1989, Alfredo Cristiani, nacionalista de derecha Alianza Republicana (ARENA) fue elegido como presidente. El 16 de enero de 1992, el gobierno firmó un tratado de paz con la guerrilla y formalmente fue el fin a la guerra civil de 12 años que había matado a 75.000 personas.
En 1998, el huracán Mitch devastó el país, dejando 200 muertos y más de 30.000 personas sin hogar. En enero y febrero de 2001, los grandes terremotos afectaron a El Salvador, dañando aproximadamente el 20% de las viviendas de la nación. Un desastre aún peor le sucedió z el país en el verano, cuando una grave sequía destruyó el 80% de los cultivos del país, causando el hambre en el campo.
En 2004, Antonio Saca, de ARENA, fue elegido presidente. La nación de El Salvador tuvo un acuerdo de libre comercio (TLC) con los EE.UU. en marzo de 2006, y el primer país centroamericano en hacerlo.
Mauricio Funes, ex periodista y miembro del partido FMLN, fue elegido presidente en marzo de 2009, poniendo fin a dos décadas de gobierno conservador en El Salvador.